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合金弹头2代：女士新军抗击二次反叛

　　在一切结束後，过了两年，正规军参谋本部接见MARCO和TARMA，他们发现MORDEN的馀党势力似乎正在酝酿中，恐怕会造成第二波的反叛行动。不但世界各地开始引发一些小型的活动，而且这些小型活动的主使也开始联合尝试组织化。据各地的来到情报显示，MORDEN的势力极有可能又再次复活。但是，MORDEN不是失踪了吗？两年内，从未得知他的消息。  

合金弹头2

　　MARCO和TARMA倒很清楚该怎么做，他们自愿再组队出击，以秘密突击的方式。参谋本部自然同意了他们的作法，但是，他们担心这是一场过于艰难的任务，不是两个人就可肩负得了的，于是，他们推荐正规军情报部的特殊工作队SPARROWS，那儿将会派遣两人来支援。此次任务，即2 MISSION，是四人的共同作战。作战即将出发的当天，SPARROWS的两位士兵来会合了，令他们惊讶的是，SPARROWS是两位女性。  

主角出场对话

　　男女搭配，干活不累。镇压作战就这样开始了，但他们还不知道隐藏在这次行动中，MORDEN带来的危机。  

合金弹头3代  PF复出揭破第三恶魔计划

　　MORDEN元帅的新政权叛乱行动已成历史。秩序且和平看似又回归到了世界，只是MORDEN是不会死心的，他曾一度企图再来个东山在起，但政府却早料到他的阴谋，在一次闪电突击中令其无法有再出头的机会。  参与之前打击MORDEN势力的两位大将。在PF队中的MARCO和TARMA，这次请辞又被退回，只得继续带领PF队(一个是队长，一个是副队)。

《合金弹头3》海报

　　尽管MORDEN的下落被灌上"失踪"二字，但他的追随者仍是遍布全世界，对MARCO及TARMA来说，将这些追随者一个一个地绳之以法正是本份所在。然而这些追随者开始暗中涌起一些狂暴的斗争行动，MARCO和TARMA无法阻止，却也渐渐地查觉到MORDEN即将再兴起的第三恶魔计划!!同时，在SPARROWS，正规军情报部中的特殊工作队，也在他们一连串的追击MORDEN势力的行动中，发生了一些奇异的事件。从政府BIG WIGS中的家畜被劫持失踪到一些人看见奇怪的大型生物出现。这些怪事似乎只能引领他们推测一种更残酷的情形。  

《合金弹头3》游戏画面

　　看来MORDEN元帅的出头恐怕不是唯一需要担心的事件了。情报部认为这似乎又得为此再办联合任务，如同过去，协力战斗的两队，PF队及SPARROWS，被要求要出任务去登陆一个偏远的小岛-那个据情报显示是MORDEN反叛势力的会合地点。情报部经过分析，认为MORDEN的反叛势力和那些在城中的奇怪事件有关，只是军方高层知道此事，居然非常不屑地嘲笑，认为那只是个没头没脑的猜测罢了。  

　　然而部队相当坚持这两件事的关连性并不能因为被当作逻辑不通而被结束!但这事却因为IA的幕后操纵，硬是让政府批准了一半。MARCO害怕这场政争的后果，担心出任务的结果恐怕只会使部队(PF)步入大伤亡的惨境，也许情报部是对的，但他自然是想反对这场任务。

　　这次出席，依然如往常一样，他礼貌地请求退回命令又一样被忽视，一想到登陆战斗可能发生的结果，MARCO无奈地耸了耸肩。

合金弹头

　　“啊！等等！”TARMA叫住MARCO，向另一方向挥动手臂 。 “喔！...”ERI望向他俩，惊呼道  “真是好久不见了！”FIO微笑著说。于是，也许战斗的序曲就在这四人再次会面而开始，没人能预料终曲会是如何。MARCO居然决定要他们四人提早暗中登陆岛上，他不想将这件事遗祸到PF及SPARROWS的所有人身上，他要自己提早将这场战斗结束!  即使只有他们四人。这场战斗将是艰难的他们知道。